Os sistemas de limpeza no local (CIP) podem ser usados durante as trocas de produtos ou lotes, a fim de evitar a contaminação cruzada. Após a limpeza no local, a esterilização no local (SIP) faz uso de agentes desinfetantes (por exemplo, peróxido de hidrogênio, solução de hidróxido de sódio etc.) para matar todos os microrganismos restantes.